En la provincia de Jujuy, tanto los árboles de especies nativas como las introducidas prosperan principalmente en los valles y las Yungas, zonas bajas de clima húmedo. Muy raras son las especies adaptadas a la altura. Entre ellas están la mora (Chlorohora mora), de uso medicinal y con aplicaciones en ebanistería, carpintería, tintorería y curtiembre; el sauce criollo (Salix humboldtiana), con diferentes empleos medicinales y madera de limitados usos; el sauco (Sambucus peruviana), de madera blanda, aplicable sin embargo a algunas tallas y con flores, frutos y hojas medicinales; el roble del país (Amburana cearensis) de lujosa madera, ya extinto; el mistol (Zizyphus mistol) con usos medicinales y alimenticios; el yuchán o palo borracho (Chorisia insignis), del cual se utiliza la madera para construir el tambor del pin-pin; también se aprovecha el algodón de sus frutos, además de tener algunos usos medicinales; el zapallo-caspi o palo bobo (Pisonia zapallo), de madera sin aplicaciones; el yuruma (Rapanea laetevirens), árbol ornamental y de usos en carpintería y medicina; el tabaquillo o fumo bravo (Solanum verbascifolium), una forma silvestre de tabaco arborescente; el lapacho rosado (Tabebuia avellanedae) y el amarillo (Tabebuia lapacho) de buena madera, con alto contenido en taninos y colorantes.
Otros árboles que crecen en Jujuy son el tala (Celtis espinosa), que se utiliza como combustible; la tipa (Tipuana sp.) usada en carpintería de obra. El orco molle (blenpharocalyx gigantea) se aprecia como árbol de sombra, al igual que el molle, el terevinto o aguaribay (Schinus molle). El sereno o ligustro (Ligustrum lucidum) es un árbol muy usado en Jujuy como cerco; al igual que el laurel (Laurus nobilis), conocido aderezo. Distinto es el caso del laurel blanco (Ocotea puberula), oriundo  de América, que se usa en carpintería. El viraró (Ruprechtia laxiflora) y el palo santo (Bulnesia sarmientoi), son cada vez más escasos en Jujuy, crecen solamente en el departamento Santa Bárbara; son árboles ornamentales y de madera muy apreciada. También prosperan el cedro (Cedrela sp.); el pino criollo (Podocarpus parlatorei) y el nogal criollo (Juglans australis). La presencia de la madera de este nogal de los pedemontes húmedos de Jujuy y Salta en sitios arqueológicos de la Puna, marca un muy antiguo conocimiento de sus propiedades alimenticias, medicinales y tintóreas.
Prosperan en las zonas bajas de Jujuy y Salta el guayabí negro (Patagonula americana) y el jacarandá o tarco (Jacarandá acutifolia J. mimosifolia) de vistosas flores azules, muy usado en las urbanizaciones. El cochucho (Fagara coco) es un árbol pequeño y tenaz, presente en los valles templados orientados hacia el este. Así, los habitantes de Caspalá, El Durazno y San Bernardo hacen artesanías con su madera.
El cebil (Anadenanthera colubrina) tiene aplicaciones en carpintería y sus semillas molidas fueron usadas como sustancia alucinógena por las etnias de la Puna y la Quebrada de Humahuaca. Relacionados con este género botánico están el vilcarán o garabato (Piptadenia viridiflora) y el orco cebil (Piptadenia moeracarpa).
Varios árboles de la familia del algarrobo tienen difusión en Jujuy: el vinal (Prosopis ruscifolia), con cuyas vainas se elabora aloja; el algarrobo negro (Prosopis nigra), que además de aloja produce una sustancia comestible llamada patay; el algarrobo blanco (Prosopis alba) que, con usos semejantes, fue hallado en sitios arqueológicos de la Quebrada de Humahuaca y la Puna. El churqui (Prosopis ferox) es un arbusto arbóreo generalmente aprovechado como leña.
El ceibo (Erythrina crista-galle), flor nacional de Argentina, abunda en la provincia. Es más voluminoso que el ceibo del Delta del Paraná por lo que se lo emplea para la forestación urbana; lo mismo que el crespón, árbol de Júpiter o alegistre (Lagerstroemia índica) que, desde su introducción en Jujuy, es muy valorado por sus flores primaverales y por la coloración roja de sus hojas en época otoñal.
Hay también árboles con frutos carnosos de mucho valor alimenticio como la palta (Persea gratissima), la chirimoya (Anona cherimolia), el mango (Mangífera índica), la guayaba (Psidium guayava), la papaya (Carica papaya) y la higuera (Ficus carica). Ninguna es autóctona y varias de ellas tienen propiedades medicinales o aplicaciones industriales. Hay algunas palmeras, como la Washingtonia, introducida desde Norteamérica.
El arrayán (Mirtus comunis) es usado en perfumería, el castaño (Castanea sativa), las distintas clases de eucaliptos (Eucaliptus sp.) el braquiquito (Brachychito populneum) el tilo (Tilia europea), el alcanfor (Cinamonum canphora) el olmo (Ulmus pumila), la magnolia (Magnolia grandiflora), el paraíso (Melia azedarach) y la morera (Morus alba) son especies de distintas partes del mundo aclimatadas en Jujuy e integradas a su paisaje.
Entre los árboles nativos también se cuentan el quebracho blanco (Aspidosperma sp.), usado en la fabricación de durmientes para el ferrocarril; el aliso del río y el del cerro (Tessaria integrifolia y Alnus  jorullensis, respectivamente) que se usan en la fabricación de pasta de papel; la quina-quina (Myroxylon ssp.), de madera roja; el laurel de la falda (phoebe porphyria); la acacia (Acacia visco); el urundel (Astronium urundeuva); el pacará (Enterolobium sp.) el arca o jarca-jarca (Scordium montanus); el guayacán (Caesalpinia melanocarpa); el palo amarrillo (Phyllostylon rhamnoides) el palo blanco (Calycophyllum multiflorum) y el peteribí (Cordia trichotona). Algunos árboles de usos más variados y de menor tamaño son el carnaval (Cassia carnaval), la brea (Caesalpinia  phaecox), el chañar (Geoffroea decorticans), el espino y el espinillo (Pithecellobium scalare y gleditsia amorphoides respectivamente), el itin (Prosopis Kuntzei), la sombra de toro hembra (Acanthosyris falcata) cuyas hojas se usan en reemplazo de la yerba mate y la sombra de toro macho (jodina rhombifolia).
En la Quebrada de Humahuaca, las especies introducidas como el sauce, el mimbre, el álamo y los frutales habitan las laderas y los fondos de quebradas. Quizás el fruto más aprovechado en la antigüedad haya sido el de los cardones (Trichocereus pasacana), desdeñado hoy como alimento. La queñoa (Polylepis tomentella) es el único árbol de las regiones más altas de la Puna.