Ubicado en el centro este de la provincia, el Departamento de Humahuaca tiene 3.792 kilómetros cuadrados de superficie, con 17.400 habitantes, según datos provisionales del Censo 2010. Sus límites fueron establecidos por ley provincial 537 en 1899 de la siguiente forma: al norte, el punto de unión entre los departamentos Yavi,Cochinocay la provincia de Salta; al este, con Salta por la Sierra de Zenta; al oeste, con el departamentoCochinocay la Sierra de El Aguilar y sus estribaciones al  norte; y al  sur, con el DepartamentoValle Grandepor la serranía de Hornocal, el deTilcarapor el río Yacoraite y la Sierra Alta y el DepartamentoTumbayamediante el arroyo El Arenal.
      La cabecera es la ciudad de Humahuaca, a la que se llega por la ruta nacional 9, siendo a su vez, a través de rutas y caminos provinciales, un importante centro de comunicación con numerosas poblaciones de la Puna y la Quebrada. Dista 125 kilómetros de San Salvador de Jujuy. Entre otras localidades importantes se pueden mencionar Tres Cruces, Uquía, Iturbe, Senador Pérez y el Aguilar, donde estuvo hasta hace no muchos años uno de los emprendimientos mineros más importante del país, reactivado últimamente por una empresa boliviana. También son dignos de tener en cuenta los parajes de Chucalezna, Chorcán, Aparzo, Palca de Aparzo, Palca de Varas, Ocumazo, Varas, Hornaditas, Calete, Cianzo, Pueblo Viejo, Coraya, El Portillo, Rodero, Chaupi Rodero, Casillas, Muyuyoc, Las Cuevas, Vizcarra, Vicuñayoc, Pisungo, Yacoraite y Azul Pampa.
      El relieve es montañoso, con el recorrido central del río Grande, del que son tributarios varios arroyos de montaña y cauces estacionales que desaparecen, en su mayoría, entre marzo y noviembre. También hay que nombrar las lagunas Blanca, Colorada, Cruznioc y de Leandro, ubicada esta última a 4600 metros sobre el nivel del mar y declarada Monumento Natural Nacional y Provincial en 1985. Algunos de los picos más elevados del departamento son el cerro Minero, de 4980 metros de altura sobre el nivel del mar; cerro Morado, 4750 metros; abra de Casillas, 4700 metros; cerro Aguilar, 4609 metros; cerro Corunco, 4570 metros; cerro Cóndor, 4300 metros y cerros Pomayoj y Mesón, ambos de 4410 metros de altura.
      Las vías de comunicación que recorren el departamento de Humahuaca son laRuta Nacional 9y las provinciales 13, 14, 73 y 138.
      El clima es frío y/o templado, con lluvias estivales en la región de la Quebrada, y seco y muy frío, con temperaturas extremas, en la parte puneña.
      Entre los árboles crecen  sauces (Salix humboldtiana), churquis (Prosopis ferox), molle o aguaribay (Schinus molle), el cardón (Trichocereus pasacana) y la queñoa (Polylepis tomentella). También hay gramíneas como las cortaderas (Scirpus giganteus) y especies con llamativas flores, como la valeriana (Valeriana officinalis) y algunas juncáceas. Además, como en otros departamentos de la Quebrada de Humahuaca, gran variedad de especies se fueron adaptando y prosperando, tanto en la forestación como en las huertas que, junto con las de Tilcara, Maimará, Huacalera y otras, abastecen de verduras de gran calidad el mercado interno y aún son comercializadas fuera de la provincia.
      En cuanto a la fauna está representada, entre otros, por la vicuña (Vicugna vicugna), la chinchilla (Chinchilla brevicaudata), el gato andino (Oreailurus jacobita), el zorro colorado (Dusycion culpeus), el puma (Felis concolor), lallama(lama glama) y elguanaco(Lama guanicoe). Entre las aves se puede mencionar al cóndor andino (Vultur gryphus), la bandurrita (Upucerthia dumetaria), el gaucho (Agriornis andicola), la dormilona (Muscisaxicola juninensis); así como el suri (Pterocnemia garleppi), las perdices (Tinamotis pentlandii) y las palomas (Columba fasciata). Hay aves agachonas en los espejos de agua y las dos variedades de flamencos de la Puna: los Andinos (Phoenicoparrus andinus) y los de James (Phoenicoparrus jamesi).
      Hay que destacar el rico acervo histórico colonial de la ciudad de Humahuaca y la importancia de los yacimientos arqueológicos precolombinos de la región, como el Antigal de Peñas Blancas, Faldeo de la Ciudad y Pista de Aterrizaje en la propia cabecera; Coctaca, con grandes andenes de cultivos de los omaguacas; Inca Cueva o Chulín, con vestigios de la vida del hombre de diez mil años de antigüedad y un importante conjunto pictográfico; al igual que Sapagua, donde hay huellas que van desde la prehistoria hasta representaciones de escenas de combate de tiempos de la conquista.