El departamento de San Antonio fue creado por ley provincial 537 el 26 de noviembre de 1.899 con una superficie de 690 km2. Según datos provisionales del Censo 2010 cuenta con 4.432 habitantes.
Ocupa la región meridional de la provincia de Jujuy y limita al norte con el departamento Doctor Manuel Belgrano mediante el río de Los Alisos; al este con el departamento de El Carmen por la serranía del Pingollar y por parte del curso del río Perico; al oeste y sur con la provincia de Salta por la sierra del Chañi.
Se encuentra a 37 kilómetros de San Salvador de Jujuy y se llega por la ruta nacional 9 y la provincial 2. Siendo uno de los más pequeños en cuanto a extensión, el departamento comprende únicamente la comisión municipal de San Antonio, cabecera del Departamento y algunas localidades como El Ceibal, Loteo Navea, Loma Atravesada, Paños, La Almona y El Morado.
El territorio es totalmente montañoso con lomadas suaves y siempre verdes hacia el este y algunas llanuras como las de Campo de la Toma, Churcal, Ceibal, Alisos y Manzanos.
En general el clima es templado y benigno todo el año, a excepción de las regiones montañosas, donde predomina el frío; con intensas lluvias estivales, de noviembre a marzo. Existen grandes zonas cubiertas por bosques que son intensamente explotados. En cuanto a los picos más altos se destacan el cerro Viciado, de 4900 metros de altura; el Negro, de 4900 metros y el Abra Negra, de 5000 metros.
Las regiones llanas y de poca altura del este departamental se encuentran cubiertas por pastos de excelente calidad para el ganado, aunque todavía la producción agrícola y ganadera es casi exclusivamente para consumo local, excepto los sectores dedicados a la explotación tabacalera.
Los cauces más importantes son el río La Cabaña, Los Sauces (cuya confluencia forma el río Perico), Los Paños, La Almona y Los Alisos, en el que se construyó el dique del mismo nombre.
Las especies vegetales autóctonas más frecuentes son cedro (Cedrela sp.), tipa (Tipuana sp.), lapachos (Tabebuia avellanedae y Tabebuia lapacho), cebil (Anadenanthera colubrina) , laurel (phoebe porphyria) y churqui (Prosopis ferox). Entre los animales más numerosos se pueden mencionar los zorros colorados (Dusycion culpeus), vizcachas (Lagidium viscacia), zorrinos (Conepatus chinga), comadrejas (Didelphys albiventris), corzuelas (Mazama americana), pumas (Felis concolor), cóndores (Vultur gryphus) y pavas del monte (Penelope obscura).
En el paraje El Ceibal se halló en la década de 1970 un importante yacimiento arqueológico constituido principalmente por gran cantidad de tiestos de cerámica negra y roja pertenecientes a la antigua cultura San Francisco.
